NGS 组合

将您的设计请求发送给我们训练有素的生物信息学家团队，由其进行评估和设计。

Twist 用于靶向富集的探针是双链 DNA，能够同时以双链为靶标来提高灵敏度。也可以用它们来富集 RNA 制成的 cDNA 文库中的靶标。

通过此工具，您可以向 Twist 团队输入您的定制组合设计要求。此工具不会创建您的设计。

点击侧边栏中“快速导览”超链接，选择您所在的工具的相应部分。

点击侧边栏中“操作方法视频”超链接，选择您所在的工具的相应部分。

您可以选择转录本数据库（RefSeq、Gencode、CCDS），为内含子指定额外碱基，并选择每个基因内要覆盖的区域。

在提供的表格中输入染色体和起止位置。您还可以添加可选注释并指定平铺级别。请确保坐标以 0 为基准。

直接以 FASTA 格式输入探针序列，确保所有探针长度在 80 bp 至 120 bp 之间，且长度相同。

输入染色体、起止位置，并可选择地提供 rsID。根据需要指定平铺级别。请确保坐标以 0 为基准。

确保所有提交的靶标是正确无误的，并最终确定。提交之前请进行必要的编辑。

选择“新设计”，并为组合提供一个独特的名称。

这些复杂的靶标需要复杂的探针放置策略，具体取决于事件的性质。为了获取最佳的靶标，请遵循我们的离线提交流程。

Select "Update Design", enter a new panel name, and provide your previous TE number or Online Submission ID and update instructions. 请注意，该工具不会从您之前的设计中检索之前的靶标。

下载模板/示例文件，填写靶标详细信息，然后通过界面上传完成的文件。

Twist 组合无大小限制。

使用“基因”靶标选项并使用基因特异性设置输入所需的靶标转录本。

Specific requirements, for example covering promoters or 5’ UTR’s for specific genes or transcripts can be specified by toggling the gene specific settings and filling the ‘Extras’ column.

如果您出错或忘记在设计中加入靶标，请联系 Twist 客户经理或联系 customersupport@twistbioscience.com 并提供您的提交 ID。然后，您可以通过提交工具重新提交您的设计要求。

若编辑之前的提交内容，请使用通过电子邮件发送给您的提交 ID，并在工具中选择“更新设计”。您需要输入之前的提交 ID 并注明所需的更改。

为了帮助锚定 SNP 覆盖度以进行比对，可以针对这些靶标请求更高的 4X 平铺。不能保证探针对主要的目标基因具有特异性。

在这种情况下，请选择“定制参考基因组”并提供您所选基因组的链接。请确保可以访问参考基因组。

增加平铺可解决已知难以捕获靶标问题，例如由于 GC 极端含量或存在假基因导致的此类问题。针对这些靶标，请设定 4X 平铺。

在以 0 为基准的坐标系中，序列中的第一个位置为 0，而非 1。例如，在以 0 为基准的系统中，染色体的第一个核苷酸位于 0 位，第二个核苷酸位于 1 位，依此类推。这与以 1 为基准的坐标系不同，后者的第一个核苷酸位于 1 位。许多生物信息学工具（包括 UCSC 基因组浏览器）都使用以 0 为基准的坐标来指定基因组位置。若要了解更多信息，请点击这里。

高级功能包括重复过滤等选项，建议有经验的用户使用这些选项，因为它们会影响组合的性能。

选项包括编码外显子（默认）、所有外显子（编码 + UTR）、整个基因（外显子 + 内含子）或定制区域。

仅使用 A、T、C 和 G 碱基为每个探针和探针序列提供独特的标识符。

提供您的联系方式，以便我们的团队在对您的设计有任何疑问时与您联系。完成后，点击“提交”，将您的设计请求发送给我们的团队。

定制组合提交工具可让您创建定制组合，用于基于杂交的靶向富集。它针对基因符号、基因组坐标、SNP 和探针序列的设计提供支持。

平铺指定不同探针的数量，这些探针覆盖所提交靶标中给定的核苷酸。默认为 1X 平铺，涉及端到端放置的探针没有重叠，确保每个靶标核苷酸均被 1 个探针覆盖。2X 平铺时，探针之间会重叠，确保每个核苷酸均被 2 个探针覆盖。我们建议您增加难以富集区域的平铺密度。

平铺指定不同探针的数量，这些探针覆盖所提交靶标中给定的核苷酸。默认为 1X 平铺，涉及端到端放置的探针没有重叠，确保每个靶标核苷酸均被 1 个探针覆盖。2X 平铺时，探针之间会重叠，确保每个核苷酸均被 2 个探针覆盖。我们建议您增加难以富集区域的平铺密度。

目前，该工具支持 DNA 设计。对于 RNA 或甲基化设计，请使用我们的白手套提交表/离线提交。可点击此处查看。

You can include gene symbols/transcript accession IDs, genomic coordinates, SNPs, or probe sequences. 目前，仅支持人类参考基因组的基因符号。

如果您需要其他帮助，请通过工具中提供的链接联系我们的支持团队。您还可以观看视频演示，并有一名向导引领您完成整个提交流程。

我们靶向所有转录本，以确保全面覆盖基因的所有已知变异。该方法可捕获所有可能的外显子和剪接变体，为下游应用提供了灵活性，并降低了缺失相关区域的风险。当特定目标亚型未知或处理不同的样本类型或设定不同研究目的时，靶向所有转录本尤其有益。

由于基因模型、转录本定义或特定基因组更新的不同，每个数据库都有独特的注释。通过靶向所有内容，我们确保为您的应用提供最全面和最相关的覆盖度。

是的，除了用于融合和 SNP 的设计组合外，Twist 还可以设计用于病毒、MSI（微卫星不稳定性）、结构变体、拷贝数变体 (CNV) 和 InDel（插入/缺失）的组合。

是，Twist 可以针对靶向甲基化测序设计一个定制组合。An application note can be found here.

您可以选择转录本数据库（RefSeq、Gencode、CCDS），为内含子指定额外碱基，并选择每个基因内要覆盖的区域。

选择“手动输入”，然后将您的要求直接输入到提供的表格中。您可以复制和粘贴外部资源。

在提供的表格中输入染色体和起止位置。您还可以添加可选注释并指定平铺级别。请确保坐标以 0 为基准。

直接以 FASTA 格式输入探针序列，确保所有探针长度在 80 bp 至 120 bp 之间，且长度相同。

输入染色体、起止位置，并可选择地提供 rsID。根据需要指定平铺级别。请确保坐标以 0 为基准。

确保所有提交的靶标是正确无误的，并最终确定。提交之前请进行必要的编辑。

如果没有您想要的参考基因组，您可以输入定制参考基因组，并提供一个链接供设计团队访问。请确保可以访问参考基因组。

选择“新设计”，并为组合提供一个独特的名称。

目前，该工具支持 DNA 设计。对于 RNA 或甲基化设计，请使用我们的白手套提交表/离线提交。首先，下载一份提交表格，填写靶标，然后在填毕的表格中提供您的详细信息。一名 Twist 团队成员随后将就您的请求与您联系。

下载模板文件，填写靶标详细信息，然后通过界面上传完成的文件。

定制组合的标准探针长度为 120 bp；但我们提供定制的探针长度（例如 80、100、120 bp）。组合中的所有探针长度都必须相同。

在以 0 为基准的坐标系中，序列中的第一个位置为 0，而非 1。例如，在以 0 为基准的系统中，染色体的第一个核苷酸位于 0 位，第二个核苷酸位于 1 位，依此类推。这与以 1 为基准的坐标系不同，后者的第一个核苷酸位于 1 位。许多生物信息学工具（包括 UCSC 基因组浏览器）都使用以 0 为基准的坐标来指定基因组位置。

高级功能包括重复过滤等选项，建议有经验的用户使用这些选项，因为它们会影响组合的性能。

选项包括编码外显子（默认）、所有外显子（编码 + UTR）、整个基因（外显子 + 内含子）或定制区域。

仅使用 A、T、C 和 G 碱基为每个探针和探针序列提供独特的标识符。

以 BED 格式输入基因组坐标（chr、start、stop）。SNP 可作为 RSID 或 BED 格式的坐标输入。请确保坐标以 0 为基准。

提供您的联系方式，以便我们的团队在对您的设计有任何疑问时与您联系。完成后，点击“提交”，将您的设计请求发送给我们的团队。

在 Twist，我们开发了一种过滤器，用于去除与重复基因组元素有明显重叠的探针（如SINE/LINE）。必须要把这些探针移除，因为它们会捕获不必要的非靶标区域，从而对组合性能产生负面影响。重复过滤严谨度决定了过滤器去除与高度重复基因组元素重叠的探针的严谨度。选项包括“高”、“中”（默认）和“低”严谨度。我们建议用户采用“中”严谨度的默认建议。

定制组合提交工具可让您创建定制组合，用于基于杂交的靶向富集。它针对基因符号、基因组坐标、SNP 和探针序列的设计提供支持。

平铺指定探针之间的重叠。默认为 1 倍平铺（无重叠），但您可以为难以富集的区域增加平铺。

目前，该工具支持 DNA 设计。对于 RNA 或甲基化设计，请使用我们的白手套提交表。

您可以包含基因符号、基因组坐标、SNP 或探针序列。

TE 编号包含在任何先前设计的组合名称中（例如 TE-91234567）。在线提交 ID（如 OTE-91234567）可在提交后收到的确认电子邮件中找到。

如果您需要其他帮助，请通过工具中提供的链接联系我们的支持团队。您还可以观看视频演示，并有一名向导引领您完成整个提交流程。

是的，可以在 Twist 网站的“技术资源”中查找适用于 hg38 和 hg19 的 Exome 2.0 靶标 .bed 文件，或者点击此处。

除了提供定制组合外，Twist 还提供以下固定组合：

1. 人核心外显子组
   1. 大小为 33 Mb
   2. 覆盖 99 % 的 ClinVar 变体
2. 小鼠外显子组组合
   1. 基于小鼠基因组组装 mm10
   2. 大小为 37.7 Mb
3. 人全面外显子组
   1. 大小为 36.8 Mb
   2. 覆盖 > 99% 的 RefSeq、CCDS 和 GENCODE 数据库
4. 泛病毒组合
   1. 包含超过 60 万个探针
   2. 靶向 > 1000 个病毒病原体
5. SARS-CoV-2 组合
   1. 使用大约 1000 个探针靶向约 30 kb 的病毒基因组
   2. 可以检测到最少 10 个拷贝的病毒
6. 人类 RefSeq 组合
   1. 将 3.6 Mb 的内容添加到核心外显子组组合
7. 人类线粒体组合
   1. 覆盖人类线粒体基因组的 16,569 bp 和 37 个基因
   2. 可作为主组合，也可作为加标使用。
8. Twist 呼吸道病毒研究组合
   1. 41,047 个探针覆盖了来自 6 个主要病毒进化分支的病毒
   2. 针对每种病毒至少有 4 倍的覆盖度 

有关详细信息，请点击此处。

Twist 用于靶向富集的探针是双链 DNA，能够同时以双链为靶标来提高灵敏度。也可以用它们来富集 RNA 制成的 cDNA 文库中的靶标。

可以的，如需了解更多信息，请发送邮件至 customersupport@twistbioscience.com 或联系您的客户经理。

是，但建议您咨询您所在地的 Twist 客户经理，以了解更多信息。我们可以使用 80 bp、100 bp 和 120 bp 探针长度来设计组合。

我们不制作 RNA 探针。但我们的 DNA 探针可以用于富集采用 RNA 制作的 cDNA 文库中的靶标。

我们对组合设计无大小限制。

目前我们正在使用一种专有模型来预测通过 Illumina 测序是否难以检测到探针。该模型的输入要素包括 GC 含量、整体复杂性（以探针序列中包含的显性 kmer 的数量来衡量）、局部复杂性（以有限序列区域内显性 kmer 的数量来衡量）和均聚物的存在情况。

通常情况下，GC 含量大于 85%、均聚物长度超过 20 nt、或二核苷酸或三核苷酸串联重复序列长度超过 30 nt 的探针难以测序。