Gene Synthesis Resources

Twist Bioscience 保证公司遵守美国科技政策办公室 (OSTP) 核酸合成筛选框架的所有要求。

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Twist Bioscience 合成的 DNA 产品会经干燥处理，或重悬在 2 mL 微量离心管、96 孔板或 384 孔板中后运输。干燥的 DNA 在室温下运输，而重悬的 DNA 则在冷冻状态下运输。

双链 DNA 和单链寡核苷酸在大多数标准实验室存储条件下呈稳定状态。但是，为了保持 Twist Bioscience 合成 DNA 的高品质，遵循以下最佳实践十分重要。

Twist recommends storing dried DNA for the following durations based on storage condition:

• 室温时，可储存 3 个月。
• 4°C 时，可储存 12 个月。
• -20°C 时，可储存 24 个月。
• -80°C 时，可长期储存。

重悬指南

• 重悬时，在打开试管或孔板之前进行短暂离心，并在 pH 8.0 的无核酸酶 Tris-EDTA (TE) 缓冲液或 pH 8.0 的 10 mM Tris-HCl 中重悬至所需浓度。
• 建议使用浓度至少为 10 ng/μL 原液稀释液，但最佳浓度需要根据您所需的应用来确定。
• 制备分装的原液稀释液以及工作溶液，以降低污染的发生几率并减少冻融的次数。
• 制备完成后应尽快使用工作溶液，并尽量减少高温暴露。

重悬的 DNA

重悬适用于某些产品。您的 DNA 产品在运输时可能会采用下列缓冲液之一。我们建议在打开之前，对试管或孔板进行简单的离心。

• Elution buffer: 2 mM Tris-Cl, pH 8.5
• TE buffer: 10 mM Tris-Cl pH 8.0, 1 mM EDTA
• TE Buffer low EDTA: 10 mM Tris-Cl pH 8.0, 0.1 mM EDTA
• 水

我们不建议在水中长期储存。

Twist recommends storing resuspended DNA for the following durations based on storage condition:

• 室温时，可储存 3 个月。
• 4°C 时，可储存 12 个月。
• -20°C 时，可储存 24 个月。
• -80°C 时，可长期储存。

我们所有的克隆基因合成产品均经过 NGS 测序验证。

基因片段未经 NGS 确认。由于基因合成错误率较低，因此我们估计要获得置信度为 99% 的序列完美克隆，600、1200 或 1800 bp 的基因片段分别需要测序大约 3、4 或 6 个克隆。

Gene products are typically delivered as a dried-down product unless otherwise specified.

克隆基因需被克隆到 Twist 的目录载体或者客户的定制载体中，然后才能交付。Gene Fragments are delivered as linear, double stranded sequences with or without flanking adapters.

我们通过 96/384 孔板来交付基因序列。For small orders of fewer than 10 genes, the genes can be delivered in tubes at no additional cost. 对于 10 个及以上基因的订单，根据试管订购要求，每个订单需额外支付 50 美元。

Twist 的 DNA 产品经干燥后，装入 96/384 孔板或 2 mL 微量离心管中。尽管双链 DNA 在大多数标准存储条件下都呈稳定状态，但我们建议您采用以下方法来保持 DNA 的高品质：

• 收到产品后，将试管或孔板短暂进行离心，并将 DNA 在 pH 8.0 的无核酸酶 Tris-EDTA (TE) 缓冲液或 pH 8.0 的 10 mM Tris-HCl 中重悬至所需浓度。
• 我们不建议在水中重悬。
• 建议储备溶液的浓度至少为 10 ng/uL，但最佳浓度需要根据您所需的应用来确定。
• 制备原液和工作溶液并将两者分装，以防止发生污染并减少冻融的次数。
• 若要长期储存，将 DNA 置于 -20°C 温度下冰冻长达一年，或在 -80°C 温度下冰冻更长时间。

Resuspension guideline can be found here .

可以，每个基因需要额外收费 10 美元。

Twist 可以将高达 5,000 bp 的基因合成产物克隆到我们任一目录载体中。我们还支持克隆到您自己的定制载体中。

Twist 提供的唯一包含 Kozak 序列的载体是 pTwist ENTR Kozak。Twist 提供的所有剩余的克隆、表达和抗体骨架载体均不包含 Kozak 或信号肽（前导）序列。Twist 建议，当计划在哺乳动物表达系统中表达蛋白质时，要包括 Kozak（GCCGCCACC 或变异）和信号序列。

否，目前 Twist 没有在植物中表达的载体；然而，只要它达到我们的要求，我们就可以存储定制载体。

您可以单击此处，在您的账户中找到克隆基因产品的定价表。

If you need to contact your Account Manager regarding pricing, their contact information is available in eCommerce under Account.

您可以单击此处，在您的账户中找到基因片段产品的定价表。

If you need to contact your Account Manager regarding pricing, their contact information is available in eCommerce under Account.

您可以借助以下方法，使用接头克隆基因片段：

• Restriction digestion/Ligation - place restriction sites inside of the Twist adapters for easy cloning.
• Type IIS or Golden Gate - place restriction sites inside of the Twist adapters for easy cloning.
• TOPO cloning (blunt-end) - the adapter sequences will be cloned in as well.
• Gateway cloning - add attB sites to the ends of your sequence.

For more information, click here.

对于接头打开的基因片段，会将通用接头合成至每个片段的两端。接头长度为 21-22 个核苷酸。具有这些接头的片段与多种组装方法兼容，即限制性酶切/连接、通路、Golden Gate 和 TOPO 克隆。

通过在接头内部添加限制性位点可移除接头。TOPO 克隆将发挥作用，但接头会保持打开状态。

接头序列

2021 年 8 月 9 日之前收到的订单，接头序列如下：

5' 接头：GAAGTGCCATTCCGCCTGACCT
3' 接头：AGGCTAGGTGGAGGCTCAGTG
5’ – GAAGTGCCATTCCGCCTGACCT – insert – AGGCTAGGTGGAGGCTCAGTG – 3'

2021 年 8 月 9 日至2021 年 11 月 1 日收到的订单，接头序列如下：

5' 接头：CCCCGTCACCTTTGGCTTATCAGT
3' 接头：AGTGACATCTGGACGCTAAGACCG
5' – CCCCGTCACCTTTGGCTTATCAGT – 插入片段 – AGTGACATCTGGACGCTAAGACCG – 3'

2021 年 11 月 2 日及之后收到的订单，接头序列如下：

5' 接头：CAATCCGCCCTCACTACAACCG
3' 接头：CTACTCTGGCGTCGATGAGGGA
5’ - CAATCCGCCCTCACTACAACCG – 插入片段 – CTACTCTGGCGTCGATGAGGGA - 3’

*接头是添加到插入片段两端的短序列，该添加步骤是我们合成过程的一部分。在检验过程中也可获得不含这些接头的基因片段。

If you have any questions about your order, please contact us at customersupport@twistbioscience.com.

是，基因片段经过磁珠清洁；然而，可能残留少量的短片段。

2021 年 8 月 9 日之前收到的订单，接头序列如下：

5' 接头：GAAGTGCCATTCCGCCTGACCT
3' 接头：AGGCTAGGTGGAGGCTCAGTG
5’ – GAAGTGCCATTCCGCCTGACCT – insert – AGGCTAGGTGGAGGCTCAGTG – 3'

2021 年 8 月 9 日至2021 年 11 月 1 日收到的订单，接头序列如下：

5' 接头：CCCCGTCACCTTTGGCTTATCAGT
3' 接头：AGTGACATCTGGACGCTAAGACCG
5' – CCCCGTCACCTTTGGCTTATCAGT – 插入片段 – AGTGACATCTGGACGCTAAGACCG – 3'

2021 年 11 月 2 日及之后收到的订单，接头序列如下：

5' 接头：CAATCCGCCCTCACTACAACCG
3' 接头：CTACTCTGGCGTCGATGAGGGA
5’ - CAATCCGCCCTCACTACAACCG – 插入片段 – CTACTCTGGCGTCGATGAGGGA - 3’

*接头是添加到插入片段两端的短序列，该添加步骤是我们合成过程的一部分。在检验过程中也可获得不含这些接头的基因片段。

If you have any questions about your order, please contact us at customersupport@twistbioscience.com.

以下是我们网站上支持密码子优化的生物体列表：

• 拟南芥
• 黑曲霉
• 米曲霉
• 枯草杆菌
• 欧洲油菜
• 秀丽隐杆线虫
• 灰仓鼠 (CHO)
• 黑腹果蝇
• 大肠杆菌
• 橹豆
• 智人
• 红褐肉座菌
• 苜蓿
• 小家鼠
• 烟草
• 矮牵牛
• 毕赤酵母
• 豌豆
• 褐家鼠
• 酿酒酵母
• 马铃薯
• 草地贪夜蛾
• 天蓝色链霉菌 A3(2)
• 野猪
• 刚地弓形虫
• 爪蟾
• 解脂耶氏酵母
• 玉米

If you do not see your specific organism, contact customersupport@twistbioscience.com.

目前，我们无法合成评级为“不可能”的基因。导致我们的算法将基因评级为“不可能”的因素有多种，而每个基因序列的具体参数是唯一的。我们的算法为专有算法，是利用机器学习开发的。除机器学习外，我们的算法还考虑了以下因素：

• GC 百分比在 25%-65% 之间
• 最大均聚物长度 <10
• 低同源性

以上因素的任意独特组合会导致特定基因序列被评为“不可能”。

为了保持野生型蛋白质表达：

• 我们会避免使用稀有密码子（密码子频率低于 8%）。
• 我们会确保所得序列的前 48 个碱基对中的序列没有牢固的发夹结构 (ΔG < -8)。
• 我们会对两条链都进行检查，确保它们没有包含您要求避免的酶切位点。
• 我们会通过避免产生 sigma70 强结合位点来防止将启动子序列引入表达序列的内部。
• 我们会避免那些产生核糖体强结合位点的序列（GGAGG 和 TAAGGAG）。
• 我们会避免那些产生终止子序列的序列（TTTTT 或 AAAAA）。

为了提高合成的成功率：

• 我们不会引入任何超过 20 bp 的重复序列。
• 我们避免存在 10 个或更多碱基的均聚物。
• 我们避免那些产生小于 25％ 或大于 65％ 的整体 GC％ 和小于 35％ 或大于 65％ 的局部 GC 窗口 (50 bp) 的拟合序列。

请注意，密码子优化有助于提高成功合成的概率，而非蛋白质表达。

重复结构、极端 GC 含量和均聚物是合成问题的主要影响因素。我们使用机器学习方法来确定成功概率。因此，在大多数情况下，序列排斥的原因并非单一。相反，复杂性或排斥源于多种特征的结合，这些特征共同导致了序列的复杂性。唯一的硬性规定如下：

• 避免均聚物 >= 14 bp
• 请勿包括 CcdB（II 型毒素-抗毒素系统）

如果遇到问题，我们建议删除或减少重复、极端 GC 含量的区域和均聚物。如果您的序列复杂、无法构建或包含与我们的内部流程相冲突的序列，我们将强调需要关注的区域。

在我们的网站上提交您的基因序列后，将自动对基因序列进行组装可行性评分：

标准： 未发现错误。基因序列的总体复杂程度（如长度、GC 含量、同源性等）为“标准”。

复杂： 未发现错误。存在一些序列复杂性（如长度、GC 含量、同源性等），但我们预计在合成您的基因时不会出现任何问题。在极少数情况下，序列可能会有周转时间增加或制造失败的风险。

错误： 基因序列存在错误。请单击序列，详细了解如何解决存在的错误。

不可接受： 该序列包含的元素会导致我们无法合成。请参阅错误信息提供的详细说明，或参考设计指南。

关于评分系统

我们的评分系统利用机器学习模型分析并结合多个序列参数（即总 GC 百分比、最大均聚物长度、最大重复长度、序列长度、重复密度等）。该模型使用我们的历史制造数据进行打磨，它可以更精确地估计基因和抗体产品的生产成功率

关于 ISSUE 信息

Warnings: 经机器学习模型预测，与失败的风险相关。警告次数越多，越有可能导致“不可接受”得分。

错误： 与基因复杂性无关，可以通过改正基因设计来进行修复

Our website will accept amino acid sequences and convert them to a DNA sequence for synthesis. At the upload sequences page, select the Amino Acid Sequence option.

Make sure your input only contains Amino Acid one-letter characters. We support only the standard 20 one-letter code characters.

氨基酸序列末尾的“*”表示终止密码子（我们不会自动添加终止密码子）。

将根据您选择的密码子使用频率表，选择最常用的密码子。

如果您未找到所需的特定生物体，请联系 customersupport@twistbioscience.com 获得帮助。

克隆基因注意事项： 并非所有的 Twist 表达载体在插入点上游都含有标准表达机制。我们建议您在选择需要的载体后，点击“下载序列”，再次检查最终质粒构建体的序列。

客户可以选择订购寡核苷酸池、基因片段和克隆基因。

寡核苷酸池中的寡核苷酸（线性单链 DNA）大小范围为 20 - 300 bp。

基因片段为线性双链 DNA，其大小范围为 300 - 5,000 bp。

克隆基因为双链 DNA，已经被克隆到 Twist 的载体或客户提供的定制载体中。克隆基因大小范围为 300 - 5,000 bp。