合成质控品

我们的猴痘病毒质控品并未通过 ISO 认证。为了迅速响应公共卫生需求，我们决定在没有 ISO 认证的情况下推出质控品。但是，我们希望这些 SKU 能够获得 ISO 认证。如果您对 ISO 认证感兴趣，请告知我们。

Twist 提供一套研究工具和 NGS 产品，包括针对猴痘、呼吸道疾病（包括冠状病毒、流感病毒、副粘病毒和肠道病毒等）以及液体活检和癌症的定制质控品和参考标准品。

如果我们的产品中没有您感兴趣的，例如组合或质控品，请通过 {{[email protected]}}联系您的销售经理或客户支持。我们将为您提供潜在的定制解决方案。

The Twist Synthetic human mpox controls have a concentration within 50% to 200% of the targeted 100,000 copies/µl as determined by ddPCR (T1 assay), or between 50,000 to 200,000 copies/µL.

The Certificate of Analysis document reports out at least 100,000 copies/µL fragments concentration with a range of 25% to 400%, or 25,000 - 400,000 copies/µL per fragment.

每个猴痘质控品包含 100 µL，1 x 10^5 份拷贝/µL 片段。

可根据要求提供猴痘序列。请联系 customersupport@twistbioscience.com 垂询。

• Twist 合成 hMPXV 质控品 1 (EPI_ISL_13056236)106051（组分）/106056（成品）
• Twist 合成 hMPXV 质控品 2 (NCBI:ON585037)106055（组分）/106059（成品）

每个质控品覆盖 80-85% 的猴痘病毒基因组。

质控品在干冰中进行冷冻运输。建议储存温度为 -80°C，但质控品可在 -20°C 下短期储存。

猴痘质控品经过验证，符合美国疾病预防控制中心防控方案。可在这里找到疾病预防控制中心防控方案。

We recommend starting with 1 µL per reaction and adjusting usage based on the results.

有两个进化枝：Congo Basin Clade (Control 1) and West Africa Clade (Control 2).

Control 1 contains 154 fragments, while Control 2 contains 151 fragments.

Each of the fragments is around 1.8kb.

由于猴痘质控品是双链 DNA 质控品，考虑到生物安全问题，在美国境外的任何购买都需要出口许可证。对于美国境内的配送，不需要出口许可证，但请与您的 NGS 客户经理一起进行报价并下订单。如果您在美国境外，请联系 Twist 客户支持 （customersupport@twistbioscience.com），并提供您的姓名和机构的名称和地址。我们的客户支持团队将与您合作，帮助您获得出口许可证。

Repetitive sequences, areas of extremely high or low GC content, and homopolymers are excluded in the genome. It is challenging to target those regions.

Twist 的 SARS-CoV-2 RNA 质控品和组合仅供研究使用。

The buffer used in SARS-CoV-2 RNA controls is 10 mM Tris-HCl and 0.1 mM EDTA with pH 8.0.

RNA 质控品的有效期为自生产之日起 24 个月。

456 种变异均储存在一根试管中。

Twist cfDNA 对照品是双链 DNA。They are a mixture of synthetic “ctDNA” molecules designed and printed with Twist technology and spiked into the background cfDNA to form each specific VAF (variant allele frequency) level.

该标准品包含许多难以检测的变异体，包括结构变异体和 1 bp 至 30 bp 的 INDEL。单个变异体的检测可能取决于客户使用的配准器和配准设置。These hard-to-detect variants are intended for experienced customers with their own analysis pipeline. SNV 和小型 INDEL（例如，5 bp 或更小）更容易，适合客户检测。

The Twist background cfDNA high-fidelity non-amplified DNA is derived from our proprietary fragmentation process, and we have observed an extremely low mutation rate compared to competitor material.

一旦制备成具有索引的文库，就可以将该对照组与患者样本汇集在一起进行同步测序。

Twist performs whole exome sequencing for the background cfDNA and utilizes a target capture on the 5% material, in addition to a ddPCR on the intermediate VAFs.

Twist performed a literature search to arrive at a list of curated, clinically-relevant (i.e. actionable) cancer-associated variants, as well as using the COSMIC database as a reference, where matching entries are available.  It includes the many prevalent variants in adult solid tumors. 456 个变异出现在 85 个独特的基因中。Twist also separately annotates the set of clinically relevant variants (>140 of variants).

变异的配置及其精确的参考序列和替代序列均列于 Twist 网站。

Twist 在 0% 和 5% VAF 上运行靶向富集 NGS，以确保在所有变异位点分别不被检测到和被检测到。此外，还通过 ddPCR 确认了所有 VAF 水平的六个位点。

The Twist cfDNA is sourced from an immortalized cell line, which enables us to create large production lots with consistent lot to lot genotypes and performance.

Twist 建议使用“低 EDTA TE”，即 10 mM Tris pH 8，0.1 mM EDTA。如果为了与下游步骤兼容而必须避免使用 EDTA，则可使用 Qiagen 洗脱缓冲液（10 mM Tris-HCl，pH 8）。

这种缺失发生在具有 10 个连续 T 的基因组环境中的基因 ATM 中。These consecutive Ts make the locus a "slippery" sequence, where the DNA polymerase replicating a copy of the genome can have the template strand slip relative to the strand being synthesized, leading to an INDEL.

The same effect has a high likelihood of occurring by the same mechanism when a PCR polymerase copies the sequence during library prep PCR. 因此，在普通文库制备h过程中，由于 PCR 循环，此基因位点特别容易自发形成变异体序列。

当等位基因完全不存在时，任何人类基因组样本（包括泛癌种参考标准品）均会因 PCR 错误而显示该突变的 VAF 升高。（在泛癌种 0% VAF 中，它的 VAF 值高于标准中 99.8% 的其他变异体位点。）Thus, the background noise is higher due to the genomic context, meaning the Limit of Blank (LoB) of this variant is likely higher than other loci due to the sequence context.

当等位基因存在时，真正的等位基因频率将 “附加”到基因座的噪声水平“之上”，这意味着该变异体的检测限（LoD）可能高于其他变异位点。

使用 UMI 接头（如 Twist UMI 接头）并运行共识折叠和/或双链折叠，有助于减少文库制备中 PCR 误差导致的该位点的噪音。

456 个变异均通过 NGS 确认（针对 0% 和 5% VAF），且 0.1%、0.25%、0.5%、1% 和 2% 是由 0% 和 5% 液体混合生成的。We selected a set of six representative and relevant variants across 0% to 5% VAFs for ddPCR, showing quantitative formulations and a continuous serial dilution.

全套试剂盒包含 7 个内容。如果单支试管为 3 ug，则为单支试管。2 支试管 300 ng 配置有 2 支试管。

Twist 建议起始输入量为 30 ng。20-30 ng 是液体活检的典型范围。

变异片段是平末端双链 DNA 分子。

经 Twist 测试，该材料是非片段末端修复和 A 尾连接（ERAT）文库制备方案以及 ddPCR 和 qPCR 等扩增子方案的合适标准。v2 泛癌种参考标准品的性能与 v1 以及和任何其他输入文库预处理的 dsDNA 相似。

Twist 野生型背景 cfDNA 模拟物来自细胞系，并采用我们专有的方法进行了处理，以近似模拟天然存在的 cfDNA 的片段谱，其特征是一个尖锐的单核糖体峰和一个次要的双核糖体峰。

游离 DNA 是在高特异性的生物过程中生成的，该过程可产生特征性的片段长度曲线。因此，我们建议制备一个任何方式都无法改变大小配置文件的文库：使用“Twist 机械片段化文库制备试剂盒”，不进行任何额外的片段化处理。使用这种方法时，文库插入大小非常完美。我们在 cfDNA 样本上广泛使用了 Twist UMI 接头，它们非常适用于双链共识序列，并且在评估突变率方面发挥重要作用。